營利事業所得之計算，以其本年度收入總額減除各項成本費用、損失及稅捐後之純益額為所得額。所得額之計算，涉有應稅所得及免稅所得者，其相關之成本、費用或損失，除可直接合理明確歸屬者，得個別歸屬認列外，應作合理之分攤；其分攤辦法，由財政部定之。
營利事業帳載應付未付之帳款、費用、損失及其他各項債務，逾請求權時效尚未給付者，應於時效消滅年度轉列其他收入，俟實際給付時，再以營業外支出列帳。
營利事業有第十四條第一項第四類利息所得中之短期票券利息所得，除依第八十八條規定扣繳稅款外，不計入營利事業所得額。但營利事業持有之短期票券發票日在中華民國九十九年一月一日以後者，其利息所得應計入營利事業所得額課稅。
自中華民國九十九年一月一日起，營利事業持有依金融資產證券化條例或不動產證券化條例規定發行之受益證券或資產基礎證券，所獲配之利息所得應計入營利事業所得額課稅，不適用金融資產證券化條例第四十一條第二項及不動產證券化條例第五十條第三項分離課稅之規定。
總機構在中華民國境外之營利事業，因投資於國內其他營利事業，所獲配之股利或盈餘，除依第八十八條規定扣繳稅款外，不計入營利事業所得額。
營利事業持有公債、公司債及金融債券，應按債券持有期間，依債券之面值及利率計算利息收入。
前項利息收入依規定之扣繳率計算之稅額，得自營利事業所得稅結算申報應納稅額中減除。
營利事業於二付息日間購入第一項債券並於付息日前出售者，應以售價減除購進價格及依同項規定計算之利息收入後之餘額為證券交易所得或損失。
自中華民國九十九年一月一日起，營利事業以第一項、前條第二項、第三項規定之有價證券或短期票券從事附條件交易，到期賣回金額超過原買入金額部分之利息所得，應依第八十八條規定扣繳稅款，並計入營利事業所得額課稅；該扣繳稅款得自營利事業所得稅結算申報應納稅額中減除。
經目的事業主管機關核准發行認購（售）權證者，發行人發行認購（售）權證，於該權證發行日至到期日期間，基於風險管理而買賣經目的事業主管機關核可之有價證券及衍生性金融商品之交易所得或損失，應併計發行認購（售）權證之損益課稅，不適用第四條之一及第四條之二規定。
但基於風險管理而買賣經目的事業主管機關核可之認購（售）權證與標的有價證券之交易損失及買賣依期貨交易稅條例課徵期貨交易稅之期貨之交易損失，超過發行認購（售）權證權利金收入減除各項相關發行成本與費用後之餘額部分，不得減除。
經目的事業主管機關核可經營之衍生性金融商品交易，其交易損益，應於交易完成結算後，併入交易完成年度之營利事業所得額課稅，不適用第四條之一及第四條之二規定。
公司組織之股東、董事、監察人代收公司款項不於相當期間照繳，或挪用公司款項，應按該等期間所屬年度一月一日臺灣銀行之基準利率計算公司利息收入課稅。
但公司如係遭侵占、背信或詐欺，已依法提起訴訟或經檢察官提起公訴者，不予計算。
公司之資金貸與股東或任何他人未收取利息，或約定之利息偏低者，除屬預支職工薪資者外，應按資金貸與期間所屬年度一月一日臺灣銀行之基準利率計算公司利息收入課稅。
自一百年度起，總機構在中華民國境內經營海運業務之營利事業，符合一定要件，經中央目的事業主管機關核定者，其海運業務收入得選擇依第二項規定按船舶淨噸位計算營利事業所得額；海運業務收入以外之收入，其所得額之計算依本法相關規定辦理。
前項營利事業每年度海運業務收入之營利事業所得額，得依下列標準按每年三百六十五日累計計算：
一、
各船舶之淨噸位在一千噸以下者，每一百淨噸位之每日所得額為六十七元。
二、
超過一千噸至一萬噸者，超過部分每一百淨噸位之每日所得額為四十九元。
三、
超過一萬噸至二萬五千噸者，超過部分每一百淨噸位之每日所得額為三十二元。
四、
超過二萬五千噸者，超過部分每一百淨噸位之每日所得額為十四元。
營利事業經營海運業務收入經依第一項規定選擇依項規定計算營利事業所得額者，一經選定，應連續適用十年，不得變更；適用期間如有不符合第一項所定一定要件，經中央目的事業主管機關廢止核定者，自不符合一定要件之年度起連續五年，不得再選擇依前項規定辦理。
營利事業海運業務收入選擇依第二項規定計算營利事業所得額者，其當年度營利事業所得稅結算申報，不適用下列規定：
第一項之一定要件、業務收入範圍、申請之期限、程序及其他應遵行事項之辦法，由財政部會商中央目的事業主管機關定之。
營利事業當年度房屋、土地交易所得或損失之計算，以其收入減除相關成本、費用或損失後之餘額為所得額。但依土地稅法規定繳納之土地增值稅，除屬未自該房屋、土地交易所得額減除之土地漲價總數額部分之稅額外，不得列為成本費用。
營利事業依前項規定計算之房屋、土地交易所得，減除依土地稅法第三十條第一項規定公告土地現值計算之土地漲價總數額後之餘額，不併計營利事業所得額，按下列規定稅率分開計算應納稅額，合併報繳；其在中華民國境內無固定營業場所者，由營業代理人或其委託之代理人代為申報納稅：
一、總機構在中華民國境內之營利事業：
(一)持有房屋、土地之期間在二年以內者，稅率為百分之四十五。
(二)持有房屋、土地之期間超過二年，未逾五年者，稅率為百分之三十五。
(三)持有房屋、土地之期間超過五年者，稅率為百分之二十。
(四)因財政部公告之非自願性因素，交易持有期間在五年以下之房屋、土地者，稅率為百分之二十。
(五)營利事業以自有土地與營利事業合作興建房屋，自土地取得之日起算五年內完成並銷售該房屋、土地
者，稅率為百分之二十。
(六)營利事業提供土地、合法建築物、他項權利或資金，依都市更新條例參與都市更新，或依都市危險及
老舊建築物加速重建條例參與重建，於興建房屋完成後取得之房屋及其坐落基地第一次移轉且其持有
期間在五年以下者，稅率為百分之二十。
二、總機構在中華民國境外之營利事業：
(一)持有房屋、土地之期間在二年以內者，稅率為百分之四十五。
(二)持有房屋、土地之期間超過二年者，稅率為百分之三十五。
營利事業依第一項規定計算之當年度房屋、土地交易損失，應先自當年度適用相同稅率之房屋、土地交易所得中減除，減除不足部分，得自當年度適用不同稅率之房屋、土地交易所得中減除，減除後尚有未減除餘額部分，得自交易年度之次年起十年內之房屋、土地交易所得減除。
營利事業交易其興建房屋完成後第一次移轉之房屋及其坐落基地，不適用前二項規定，其依第一項規定計算之房屋、土地交易所得額，減除依土地稅法第三十條第一項規定公告土地現值計算之土地漲價總數額後之餘額，計入營利事業所得額課稅，餘額為負數者，以零計算；其交易所得額為負者，得自營利事業所得額中減除，但不得減除土地漲價總數額。
稽徵機關進行調查或復查時，營利事業未提示有關房屋、土地交易所得額之帳簿、文據者，稽徵機關應依查得資料核定；成本或費用無查得資料者，得依原始取得時房屋評定現值及公告土地現值按政府發布之消費者物價指數調整後，核定其成本，其費用按成交價額百分之三計算，並以三十萬元為限。
獨資、合夥組織營利事業交易房屋、土地，應由獨資資本主或合夥組織合夥人就該房屋、土地交易所得額，依第十四條之四至第十四條之七規定課徵所得稅，不計入獨資、合夥組織營利事業之所得額，不適用前五項規定。
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