1.中華民國55年2月7日財政部（55）台財稅發字第01431號令訂定發布
2.中華民國56年1月30日財政部（56）台財稅發字第00844號令修正發布
3.中華民國59年3月5日財政部（59）台財稅發字第21734號令修正發布
4.中華民國59年6月9日財政部（59）台財稅字第24380號令修正發布第 45、97 條條文
5.中華民國61年4月6日財政部（61）台財稅字第32826號令修正發布
6.中華民國62年12月31日財政部（62）台財稅字第39593號令修正發布第 1、3～6、10、12、13、20、24、26、32、33、38、41、60、63、70、71、74、75、79、81、86、88、92～95、97、98、101～103、116條條文；並增訂第18-2條條文
7.中華民國65年2月10日財政部（65）台財稅字第30769號令修正發布第 2、11、13、14、18-2、19、20、24、31、41、43、58、67、68、74、76、80、81、84、85、88、90、93、95、96、99-1、101、116條條文；並增訂第 77-1、97-1 條條文
8.中華民國71年2月8日財政部（71）台財稅字第30799號令修正發布
9.中華民國75年12月30日財政部（75）台財稅字第7519891號令修正發布
10.中華民國76年12月22日財政部（76）台財稅字第 761129351號令修正發布第 16、45、80、83、87、92、94-1、97條條文
11.中華民國79年2月21日財政部（79）台財稅字第791186171號令修正發布全文116 條及名稱（原名稱：營利事業所得稅結算申報查核準則；新名稱：營利事業所得稅查核準則）
12.中華民國81年1月13日財政部（81）台財稅字第811656992號令修正發布第 1～4、11、14、24、30、32～34、36-1、59、60、63、74、77～79、86、86-1、88、93、94-1、95、98、99、116 條條文；並增訂第 51-1、86-2 條條文；及刪除第 5、99-1條條文
13.中華民國82年12月30日財政部（82）台財稅字第 821506719號令修正發布第 6、7、11、23、30、38、45、58、68、70、72、74、75、78、79、83、86、86-1、86-2、87、92、94-1、97、116 條條文；並增訂第15-2、24-1條條文
14.中華民國86年2月26日財政部（86）台財稅字第861881601號令修正發布第 24-2、30、32、45、58、70、74、76、79、83、86、88、92、96、97、99、101-1、103條條文
15.中華民國87年3月31日財政部（87）台財稅字第 871937419號令修正發布第 2、4、10、11、18-2、19、21、30、35、38、45、51、57、58、63、67、70-1、71、72、74、75、77、77-1、78、90、92、94-1、95、97、99、101、102、104、111-1、114、116條條文及修改第六章第二節名稱
16.中華民國93年1月2日財政部台財稅字第 0920457921 號令修正發布第 1～3、6、11、12、15、15-1、15-2、20、22、29、30、32、36-1、36-2、38-1、45、58、70、71、74、76、78、79、81、83～86、87、88、90、92、94、95、96、97、98、99、100、101、101-1、102、111-1、112、116條條文；刪除第 4、8、10、13、31、34、35、66、69  條條文；並增訂第 114-1、117 條條文
17.中華民國94年12月30日財政部台財稅字第09404585670號令修正發布第2、11、70、71、79、81、83、86-2、95、101-1、114-1條條文
18.中華民國98年9月14日財政部台財稅字第09804561280號令修正發布第2、9、12、16、22、26、29、30、32、38-1、45～51、52、109、114、116  條條文及第四章第二～四節節名、第五章第二節節名；刪除第 36-1、108-1、111-1 條條文
19.中華民國101年1月4日財政部台財稅字第10000465940號令修正發布第2、11、27、32、47、50、51、55、63、67、70、74、79、86、90、93～95、99、100、112、116 條條文；並增訂第 51-2、108-2條條文
20.中華民國103年4月9日財政部台財稅字第10304540780號令修正發布第2、12、24、32、36-2、38、63、67、74、83、90、94-1、95、99、103、104、111、116  條條文；增訂第 15-3 條條文；除第 15-3 條、第 95 條第 9  款及第 16 款，自102年度營利事業所得稅結算申報案件適用之外，其餘自發布日施行
21.中華民國103年9月30日財政部台財稅字第10304618420號令修正發布第 112、116條條文；並自104年度營利事業所得稅結算申報案件適用之
22.中華民國106年1月3日財政部台財稅字第10504039070號令修正發布第2、24、32、36-2、71、74、79、82、83、86、88、90、95、97、99、101-1、104、111、116  條條文；並刪除第 24-1 條條文
23.中華民國107年6月29日財政部台財稅字第10704600500號令修正發布第30、71、112、116條條文；第112條自107年度營利事業所得稅結算申報案件適用之
24.中華民國112年12月11日財政部台財稅字第11200056790號令修正發布第2、12、23、30、32、36-2、70、74、79、88、90、94、95、97、99、100、111、111-2、116條條文；第2、30、32、36-2、95、100條，自112年度營利事業所得稅結算申報案件適用之；第88條自112年1月1日適用之