高階專業人員或技術投資人適用本條例第九條第一項、第十條第五項規定者，扣繳義務人於給付股票時，免依所得稅法第八十八條規定辦理扣繳。
生技醫藥公司依本條例第九條第六項、第十條第五項規定向主管機關申請認定，經主管機關否准其申請者，扣繳義務人應於主管機關否准函送達生技醫藥公司之日起一個月內，辦理補扣及補繳扣繳稅款，向稅捐稽徵機關申報各類所得扣繳暨免扣繳憑單，並將憑單填發納稅義務人。
生技醫藥公司經依生技醫藥公司審定辦法第四條第三項規定撤銷審定函者，扣繳義務人應於主管機關撤銷函送達生技醫藥公司之日起一個月內，辦理補扣及補繳扣繳稅款，向稅捐稽徵機關申報各類所得扣繳暨免扣繳憑單，並將憑單填發納稅義務人。
生技醫藥公司經主管機關依生技醫藥公司審定辦法第四條第三項規定廢止審定函者，高階專業人員及技術投資人於審定函有效期間內取得新發行股票，得適用第三條第一項及第四條規定；高階專業人員及個人技術投資人於審定函有效期間內，取得股票且繼續於該公司任職或提供技術應用服務累計達二年者，得適用第三條第二項及第四條規定。
扣繳義務人依第二項或第三項規定期限補繳、補報及填發者，得免加計利息並免依所得稅法第一百十一條及第一百十四條規定處罰，屆期未辦理者，應依前開所得稅法規定處罰。