一、九十年十二月三十一日以前經核准適用新興重要策略性產業之公司，選擇適用五年免徵營利事業所得稅者，準用本部九十二年五月九日台財稅字第○九二○四五二七一七號令發布之「新興重要策略性產業免徵營利事業所得稅免稅所得計算要點」規定，計算免稅所得額。
二、九十年十二月三十一日以前以資本額及購置設備方式適用新興重要策略性產業之公司，選擇並開始適用五年免徵營利事業所得稅者，得於本令發布日起三個月內，依「新興重要策略性產業免徵營利事業所得稅免稅所得計算要點」第七點之規定選擇計算公式計算免稅所得額，並向稅捐稽徵機關申請更正。
三、九十年十二月三十一日以前以研究與發展支出金額或比率方式適用新興重要策略性產業之公司，選擇適用五年免徵營利事業所得稅者，應於開始適用免稅年度之營利事業所得稅結算申報時或於本令發布日起三個月內，選擇準用﹁新興重要策略性產業免徵營利事業所得稅免稅所得計算要點﹂第八點規定計算免稅所得額，或依本令附件所列公式計算免稅所得額，但一經選定，於該次投資計畫免稅期間內不得變更；公司逾期未選定者，稅捐稽徵機關應依本令附件所列公式核定其免稅所得額。
四、本令發布日前，營利事業業經稅捐稽徵機關核定之所得稅結算申報案件，如經該事業申請改按本令規定更正，其因更正而有應補或應退稅額者，免予加計利息。