一、適用94年12月31日以前修正發布新興重要策略性產業屬於製造業及技術服務業部分獎勵辦法、新興重要策略性產業屬於農業部分獎勵辦法及新興重要策略性產業屬於電影工業數位化後製作部分獎勵辦法之公司，選擇適用5年免徵營利事業所得稅者，依本部92年5月9日台財稅字第0920452717號令發布「新興重要策略性產業免徵營利事業所得稅免稅所得計算要點」(以下簡稱修正前要點)規定計算免稅所得。
二、適用95年1月1日以後修正發布新興重要策略性產業屬於製造業及技術服務業部分獎勵辦法、新興重要策略性產業屬於農業部分獎勵辦法、新興重要策略性產業屬於電影工業數位化後製作部分獎勵辦法及新興重要策略性產業屬於國際物流事業部分獎勵辦法之公司，選擇適用5年免徵營利事業所得稅者，依本部99年5月10日台財稅字第09904519470號令修正發布「新興重要策略性產業免徵營利事業所得稅免稅所得計算要點」(以下簡稱修正後要點)規定計算免稅所得。
三、適用前點規定之公司，其97年度及以前年度營利事業所得稅結算申報案件，依修正前要點第8點規定計算免稅所得者，得於本令發布之日起3個月內，向稽徵機關申請改按修正後要點第8點規定計算免稅所得；其因申請改按修正後要點第8點規定而有應補或應退稅額者，免予加計利息。